Греческой философии, а в особенности платонизму, была чужда идея о Боге-Творце. Всё существующее существует вечно, а бог-демиург занимается лишь установлением порядка. В то время как в платонизме центральное место отводилось вечности идей, в учении Аристотеля утверждалась вечность материи. Бог греческих философов всецело укладывался в категории человеческого разума. В учении Оригена эта идея трансформировалась следующим образом: Бог — вечный творец, никогда не бывший в бездействии. Он от века сотворил так называемые разумные твари (разумы, интеллекты). Для платоника Оригена интеллект представлялся единственно достойным объектом творения. В силу божественной справедливости эти разумные твари были в равной степени наделены свободой и совершенством, и единственное содержание их существования состояло в блаженном созерцании Бога. Воспользовавшись своей свободой, они, пресытившись созерцанием, начали отвлекаться, и в этом состояло грехопадение. В наказание Бог наделил их разного рода телами: ангельскими, человеческими, животными, неодушевлёнными — в зависимости от глубины их падения. В конце времён все они вернутся в состояние своего изначального совершенства, иными словами, произойдёт всеобщее спасение, апокатастасис. В этой схеме само Божественное Слово, Логос, от века сосуществующее с Отцом, также представляет собой вечное творение, онтологически тождественное другим тварным разумам. Но Творение есть движение из небытия к бытию, а любое движение предполагает перемену. Перемена же в платоновском понимании — зло.

Несмотря на своё уважение к Оригену как первому христианскому философу, Григорий Нисский не мог согласиться с ним в понимании Творения. Одна из основных библейских идей, идея Бога как Творца, несводима к категориям греческой философии. Библейской мысли чуждо понятие о соприродности Бога и твари. Поэтому мы благоговеем и трепещем перед Богом и чтим Его как абсолютно Другого, Святого, Яхве, истинно Сущего. Акт творения есть Его свободный акт. В этом пункте святой Григорий расходится и с платонизмом, и со своим учителем Оригеном. Всё же он не отвергает платонизм до конца: в акте творения Бог сотворил всё потенциально, способным меняться и развиваться, а Сам теперь «промышляет» о сотворённом. Эта идея не вполне чужда теории Платона, согласно которой всё существует сначала потенциально и лишь потом воплощается в реальность. Этот святоотеческий «платонизм» показывает, что понимание творения отцами не противоречит принципу эволюции. Теория эволюции как раз и объясняет пути развития органического мира, хотя, особенно в свете новейших данных, она неспособна к полному объяснению жизненного принципа как такового. Детали библейского рассказа о шести днях творения святой Григорий (как и его брат Василий) понимал иносказательно.

О судьбах мира Григорий Нисский говорит в своём «Большом Катехизисе». Поскольку в своём учении он проповедует платоническую идею о несуществовании зла, это означает, что в конце времён злу также наступит конец. У зла нет ипостаси, в основе своей оно — обман, а в Царстве Божием нет места обману. Своё объяснение «вечного наказания» святой Григорий строит на филологических доводах. «Вечное» — нечто, принадлежащее «веку», то есть времени. В Царстве Божием времени не будет. Вечный огонь — это огонь очищения душ. Эта идея напоминает западно-латинское учение о чистилище, коренящееся в юридическом отношении к понятию греха как долга, который подлежит выплате. В учении Григория Нисского эта идея — результат оригеновского влияния. К Оригену же восходит и его учение об окончательном восстановлении всего в божественной любви, апокатастасисе. Апокатастасис, по существу, противоречит концепции свободы. Здесь мы являемся свидетелями борьбы между эллинистическим образом мышления Григория и его верностью библейским богословским принципам. Это ещё одна грань нерешённой проблемы Афины-Иерусалим. Согласно православной точке зрения, поскольку существует свобода, постольку неизбежен и ад для тех, кто не хочет идти на небеса. На Пятом Вселенском Соборе вместе с Оригеном была осуждена и эта доктрина «всеобщего восстановления». Заодно пострадала и репутация святого Григория, которая позднее, тем не менее, была восстановлена.